Crono est un jeune garçon insouciant qui vit en l'an 1000. Il se rend à la fête du village qui célèbre le second millénaire avec l'espoir de gagner un peu d'argent et aussi pour aller voir la nouvelle invention de son amie Lucca. Arrivé sur les lieux, il heurte par mégarde une fille qui dit s'appeler Marle et qui insiste pour l'accompagner, après que Crono ait retrouvé le médaillon qu'elle avait perdu à cause du choc. Ils vont donc voir ensemble la nouvelle invention de Lucca , qui s'avère être un téléporteur. Lucca demande à Crono de servir de cobaye et tout se passe bien. Mais quand Marle l'essaye, il semble y avoir une intéraction avec son médaillon, et elle diparaît. Crono part à sa recherche et se retrouve dans le passé, 400 ans plus tôt.