Deux ans après la fin du pélerinage de Yuna, le monde de Spira est maintenant dans une période de "Félicité éternelle". Les Yevonites et les Al Bhed se sont réconciliés, c'est le temps de la "Revolution Machina", les gens n'ont plus peur d'utiliser les machines. Un jour, Yuna reçoit une mytérieuse sphère que Kimahri a trouvée au Mt Gagazet. Celle-ci contient l'image d'un garçon qui ressemble étrangement à son amour perdu, Tidus. Bien qu'elle ne soit pas sûre que ça soit lui ou qu'il soit encore vivant, elle décide de partir à sa recherche. C'est ainsi que commence une nouvelle aventure, l'histoire de Yuna...