L'histoire de FF6 est celle d'un monde dans lequel la magie a disparu depuis plus de 1000 ans. L'empereur Ghestal décide de récupérer cette magie afin de conquérir le monde. Il découvre ainsi l'existence d'une enfant, nommée Terra, qui possède des pouvoirs magiques dus au fait que son père est un Esper. Terra, une fois devenue jeune fille réussit à ne plus subir l'influence de l'Empire grâce à l'aide des Returners, une bande de rebelles. Elle accepte ensuite de les aider. Constamment déchirée par sa personnalité, Terra doit cependant sauver les Espers et faire en sorte que la paix revienne sur terre. En route, elle rencontrera d'autres personnages qui viendront la soutenir.