Dans une cité contrôlée par le conglomérat Shinra.Inc, un des réacteurs Mako vient d'exploser. C'est l'acte d'un groupe de rebelles, AVALANCHE. Ces écolo-guerriers veulent empêcher la Shinra de continuer à puiser l'énergie Mako de la Terre, détruisant ainsi les ressources naturelles de la planète.Vous incarnez Clad, membre d'élite du groupe Soldat. Mais Clad a aussi un autre ennemi : Sephiroth, son ancienne idole, qui est responsable de la destruction de son village et de la mort de ses parents.