Mana est la source de toute vie dans le monde et la légende raconte que celui qui touche l'Arbre Mana recevra un pouvoir immense et éternel. Sa puissance est donc convoitée par les forces du Mal, et c'est la mission des Chevaliers Gemma de préserver l'Arbre Mana de celles-ci. Dark Lord, à la tête de l'empire Glaive, essaie de s'approprier du pouvoir de Mana, aidé par son serviteur le sorcier Julius. Mais le personnage principal de l'histoire, un guerrier fait prisonnier et qui doit combattre en tant que gladiateur pour divertir Dark Lord, découvre leurs plans maléfiques et tente de les arrêter.

Note : ce jeu est sorti sous des noms différents : Seiken Densetsu au Japon (il s'agit en fait du premier Secret of Mana), Final Fantasy Adventure aux Etats-Unis et Mystic Quest en Europe (à ne pas confondre avec FF Mystic Quest sorti sur Snes, ici il s'agit du jeu Gameboy).