L'histoire se déroule dans un monde plutôt aquatique, nommé Spira. Un jour, ce monde qui était autrefois très avancé au niveau technologie, a été complètement dévasté par une force inconnue, Sin. Depuis cet évènement, la majorité de la population adopta la religion Ebon, qui inculque les dangers de la technologie. Un millénaire s'est écoulé et la population redoute une nouvelle attaque de Sin.
Tidus, un jeune et talentueux joueur de Blitzball, fait la rencontre de Yuna, invocatrice et fille du célèbre sorcier Braska. Hantée par d'étranges rêves, elle cherche à les comprendre et pour cela elle part à la recherche de Sin avec le but de le vaincre. Elle doit avant cela se rendre dans les différents temples de la religion Ebon, afin d'y acquérir les puissantes Chimères. Tidus et Yuna seront accompagnés dans leur quête par d'autres personnages : Auron, le chef des gardes du corps de Braska, Kimahri Lonzo, le garde du corps de Yuna et son amie Lulu qui maîtrise la magie noire, ainsi que Wakka, un ami de Tidus et joueur de Blitzball, et Rikku, une jeune voleuse, membre des Al Bhed.
 
 










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